企业并购后进行财务整合的过程一般包含以下几个方面：财务管理目标的制定，调整管理人员队伍、将会计计算体系进行再次改革，整合当前的会计核算方式与制度、现金流转内部控制的整合以及存量资产和负债的整合等。
因为并购后的财务整合是一个系统工程，不是两方财务数据的简单相加，整合的顺序也存在一定的逻辑关系，按照先后顺序逐步展开。财务整合需树立以统一的财务管理目标为导向，从会计核算体系整合出发，以财务组织机构和人员的整合为铺垫，以存量资产和存量负债的整合为基础，实施更完善的现金流转的内部控制，最终将并购主体的财务体系做到上下统一，完成财务方面的改革，使并购活动更加成功。
一、统一财务管理目标。
企业并购后的财务整合并不是两方的财务信息简单的相加，而是存在一定的逻辑关系，是一个系统工程。因此，企业并购后财务整合需针对并购双方制定统一的财务管理目标。统一的财务管理目标可以有效地避免企业追逐短期利益，帮助企业从长远发展的角度进行管理决策。目前常见的财务管理目标有利润最大化、股东权益最大化和企业价值最大化。企业并购后的财务管理目标应结合企业性质、企业环境等诸多因素制定，尽快统一目标，完成财务方面的改革。
二、优化会计核算体系。
会计核算是各类基础数据的主要来源，也是财务部门的主要工作之一。但由于各企业的会计核算制度存在一定的差异，使得并购双方核算财务数据的口径不一致，不利于财务指标对比分析，也不利于后续业绩考核。因此，企业并购完成后应整合双方的会计核算体系，统一口径，规范会计核算制度，从而保障了财务信息的可比性、可靠性和准确性，为后续企业经营决策打好基础。
三、整合财务组织机构和人员。
企业并购后需对财务组织机构和人员进行整合，财务组织机构和人员是财务整合的载体。在财务组织机构方面，企业应重新编排整体架构，有效整合并购双方的部门，在保证各部门人员的充足性与合理性的前提下，减少人力成本支出，提高整体的工作效率。从人员管理方面，首先并购双方应加强沟通，明确分工，制定新的人事安排，积极推动和促进财务人员整合。其次，组织财务人员培训，尽快了解当前公司的业务及经营环境等，提升财务核算、财务管理能力。
四、优化存量资产和负债。
资产整合是财务整合的重要内容，是企业获取利益的载体。有效的资产整合保证了资源得到最大化的利用，可以有效的控制成本，增强获利能力。对资产的整合首先应符合企业的发展要求，与企业的战略目标相适应，达到资源最优化配置，为企业创造更大的价值。其次，被并购方的资产整合要与并购方的资产核算原则保持一致。
最后，企业并购吸纳被并购方资产时，应充分考虑成本效益原则，理清付出成本与未来收益间的关系。企业并购不仅拥有被并购方的资产，还承担了被并购方的负债。对负债的整合首先应明晰债权债务关系，合理准确的量化负债，厘清短期负债和长期负债。对于非必须按期偿还的银行借款等，可以考虑采取一定方式将负债转为权益，或将短期负债转为长期负债，缓解短期内清偿压力。
五、健全财务管理制度。
财务整合阶段中最重要的一步是建立健全的财务管理制度。财务管理制度健全与否直接影响并购后企业运行效率。因此，企业并购后应充分考虑并购双方公司的特点后出台新的财务管理制度。