（一）人员专业素质有待提高
在对财务方面的收支审计这项工作开展的过程当中，人往往是非常重要的一项因素。在最近几年，伴随着互联网的高速发展，各类电子技术和医疗事业也不断融合。在这样的背景下，就对审计人员提出了更高层次的要求，要求审计人员具备对于电子技术的运用能力，使其综合素质不断得到提高。
但从目前的实际情况来看，很多负责收支审计这项工作的人员还并未达到相应的标准和要求。人员在综合素质和技能结构方面与信息管理出现不适配的情况，无论是熟练度还是工作技能都急需做出提高，这样才能达到理想的管理效果。
（二）审计管理体系不够健全
在现阶段，医院在开展财务方面的收支审计这项管理工作的过程当中，体制不够完善、较为混乱也是非常严重的一个问题。
在这其中，往往包含各种各样的问题。比如工资发放不够标准、审计业务流程较为烦琐、财务审计职位空缺等。这对审计工作的开展产生了非常不利的影响，医院内部开展财务管理这项工作的过程当中可能会存在诸多的风险，对医院的发展产生不利的影响。
（三）审计过程存在风险
在医院发展的过程当中，财务管理往往是非常重要的一项工作。但从目前的实际情况来看，在对财务方面的收支审计工作进行开展时会发现在财务管理方面存在诸多的漏洞和风险，审计质量和效率都偏低，无法在审计工作开展过程当中做到精细化的管理。
例如，在现阶段，医院内部在审计工作开展过程当中十分匆忙、审计人员也缺乏判断力。这样就会导致在财务管理过程当中一些遗漏和风险不断出现，要想达到良好的管理效果是非常难的。需要在后续审计当中通过多元化的手段和策略，使财务风险得到降低和规避，使医院的发展变得更加稳定。
（四）对医院财务收支审计缺乏正确认知
在医院的安全运营过程中，财务收医院医院经营权分离的情况，医院自身发展开展的，这就造成缺乏对该项工作的正确认知，甚至工作出现滞后性，制约整体发展。
医院管理层不重视财务收支审计工作，会大幅度削弱财务收支审计功能，在具体应用上支持力度不足；工作人员在实际操作上，审计工作有很大的片面性，往往浮于表面、流于形式，甚至是变成简单的查账行为，再加上在审核环节过于看重审计报告，虽然有对审计问题的汇总，但缺乏相应的解决措施。此外，该项工作多是事后审计，缺乏实地调研和动态跟踪。
（五）审计内容单一、审计理念落后
医院财务收支审计工作包括财务账目、医院效益评估、财务风险分析等，在实际执行中，未能严格把控预算执行和专项资金管理，尤其是在审查业务上，基本上是沿用财务收支查错防弊的老套模式，虽然具有日常监督管理行为，但医院财务收支评估方式缺乏多元性。
财务收支审计工作审计内容单一、审计观念落后，都会影响到审计制度的创建，难以充分体现审计效果。
结语
医院医疗风险频繁出现，医院承担着巨大的财务及医疗风险，因审计工作评估成效与实际情况不符，管理层难以制定相关预防措施及解决方法，难以根据现实情况为患者设计相应的咨询活动，不仅延缓了财务收支审计工作进度，医院医疗服务功能。